자궁근종의 원인이 확실하게 밝혀진 것은 아직 없습니다. 여러 추정이 있을 뿐인데 먼저 유전적인 것을 알아본다면, 자궁근종이 흑인이나 유색인종에 더 많으며 진료를 해보면 자매나 모녀들이 같이 발견되는 경우도 종종 볼 수 있습니다. 그 외에 언급 되는 것이 호르몬에 의한 것인데 특히 여성호르몬에 많이 의존하는 것을 볼 수 있습니다. 즉, 자궁근종은 난소의 기능이 왕성할 때 잘 자라지만 초경 이전이나 폐경기 이후에는 발생이 드물며 특히 폐경기 이후엔 근종의 크기가 감소하는데 난포 호르몬이 포함된 피임약의 경우 근종이 커지는 것이 그 증거가 되는 것이라 할 수 있습니다. 그러나 생식연령층의 모든 여성이 호르몬을 분비하는데 일부 여성에서만 근종이 발생하는 점 등에 의해 여성호르몬이 근종 발생의 단일 인자로는 보이지 않으며 근벽의 미성숙한 근세포가 여성호르몬의 자극이 지속될 때 근종으로 발육된다는 것을 주장하는 설도 있습니다.